Die X-GmbH erwarb am 3. Mai 1993 mit Wirkung vom 1. Juni 1993 von der X-KG deren gesamtes zur Herstellung von ... -Produkten benötigtes Anlage- und Umlaufvermögen einschließlich des alleinigen Geschäftsanteils an der Antragstellerin und Beschwerdegegnerin (Antragstellerin), einer GmbH. Zugleich wurde vereinbart, den zwischen der X-KG als Organträgerin und der Antragstellerin als Organgesellschaft bestehenden Beherrschungs- und Gewinnabführungsvertrag mit Ablauf des 31. Mai 1993 aufzuheben und für die Zeit vom 1. Januar bis zum 31. Mai 1993 sowie vom 1. Juni bis zum 31. Dezember 1993 jeweils ein Rumpfwirtschaftsjahr zu bilden. Die entsprechenden Gesellschafterbeschlüsse wurden am 28. Mai 1993 gefaßt, notariell beglaubigt und zum Handelsregister angemeldet. Die Eintragung in dieses erfolgte am 6. oder 19. April 1994.