Die atypisch stille Gesellschaft wird ertragsteuerlich als eigenständige Mitunternehmerschaft behandelt, an der der Inhaber des Handelsgewerbes (Inhaber) und der atypisch stille Gesellschafter (Stiller) beteiligt sind. Der Mitunternehmerschaft sind steuerrechtlich alle Wirtschaftsgüter, auf die sich die atypisch stille Gesellschaft erstreckt, zuzuordnen. Die laufenden Geschäfte werden durch den Inhaber auf Rechnung der atypisch stillen Gesellschaft betrieben.

Daneben bleibt der Inhaber – ebenso wie der Stille – als Steuersubjekt bestehen. Da es sich bei der Abbildung als Mitunternehmerschaft um ein rein steuerrechtliches Konstrukt handelt, wirkt sich diese wesentlich auf die Erstellung der Steuerbilanzen aus. Daneben ist auch die zutreffende buchhalterische Erfassung der atypisch stillen Gesellschaft im Rahmen der Handelsbilanz zu beachten, die von der Steuerbilanz abweicht.