Beim funktionalen B. werden Aktivitäten und Methoden aus identischen Funktionsbereichen von branchenfremden Unternehmen verglichen. Die Idee ist, dass die größten Potenziale für die Verbesserung der eigenen Prozesse durch die Übertragung von Lösungen branchenfremder Unternehmen auf das eigene Unternehmen entstehen. Auch die Informationsbeschaffung ist bei Nicht-Konkurrenten einfacher. Allerdings ist bei dieser Form des Benchmarkings unsicher, ob sich die Lösungsansätze auf das eigene Unternehmen übertragen lassen.